第三代基因测序腾“云”起航 企业降本增效交给华为云

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“你不能自己想象当亲戚亲戚朋友的通量提升呈现指数级增长后,在算力和存储资源上的那种束缚感。“

 北京希望组生物科技有限公司(简称希望组)的首席信息官朱赢,在谈到一年多前业务发展遇到IT瓶颈时,举了一一八个形象的例子:亲戚亲戚朋友目前满载通量每天都都后能 产生1150TB的数据,假设线下机房现在有一一八个PB的存储能力,我希望10天就会存满。这1150TB的存储资源我前期不可能 不可能 花费了一百多万元,还可是我硬件上的投入,不算电力消耗和人力维护成本。资源过高 为社 会么会办?又要再花一百万,又要去巨资投入系统建设?

 作为全球最大的第三代基因测序企业之一,希望组在2017到2018年配置完成了完整的三代测序技术平台,正式面向全球用户结束英文了了提供PromethION人类基因组重测序服务。简单地说,相对于二代测序技术,三代基因测序的应用落地如同将燃油车再加了高铁。

 “传输数率”快了,测序能力也大幅提升,但会 通量爆发式增长的同去,希望组也遇到了最大的“瓶颈”。除了前面朱赢提到的存储资源什么的问题,公司在算力、IT运维、成本控制和人力调配等很多方面都遇到了挑战。

 上云:应对全行业挑战

 基于第三代基因测序技术,我人太好还都后能 同去进行几瓶基因片段的快速测序,数据的存储量也呈现指数及增长。“不可能 要对哪几种数据文件进行分析和计算得话,大慨每天都都要有十万核小时的时间来完成计算。这是原有机房的算力无法想象的。”

 朱赢表示,希望组的科学家、工程师主可是我从事基因研究,就不太会在IT方面耗费很多心力和资源。“亲戚亲戚朋友都要要让研究人员从IT基础设施的繁复性里解放出来,让亲戚亲戚朋友投入更多的精力,回归所没有人应该起到作用的基因组学研究上。”

 “实际上,这要求亲戚亲戚朋友在算力和存储方面,不仅是资源充沛的什么的问题,都要有极强的扩展性,随时都都后能 不断地往外扩充你这名能力,并按照需求能收能放。”朱赢斩钉截铁地说到,“亲戚亲戚朋友决定全面上云!”

 还都后能 说,希望组在一两年前遇到的哪几种困阻,也是整个基因测序行业的同去挑战。

 随着上世纪90年代“人类基因组计划”的启动至今,人类的150亿个碱基和数万个基因序列已被测定完成。基因测序,你这名针对人类生命密码进行“读取”的技术,也从最初的一代,二代,逐步进入了第三代。

 与此同去,随着基因测序技术的心智成熟是什么是什么是什么是什么的句子是什么期期图片 图片 图片 图片 图片 ,所没有人基因测序行业快速进入繁荣时期,很多关注健康和珍命质量的人结束英文了了对基因测序提出了更大的需求。不过,第三代基因测序数据量较二代也总出 了百倍增长,在呈现更加科学、精准测序结果的同去,第三代基因技术也遇到了算力、存储能力等方面的IT资源瓶颈,迫切都要防止传输数率迟缓、投资巨大、成本增加的什么的问题。

 而与基因测序企业的挑战相对应的,是公众在享受基因测序服务时面临的痛点:测试时间耗时较长;专业测试费用高昂,市场价格不透明甚至混乱;过高 权威的测试结果分析解读……

 解密:获取降本增效的创新秘诀

 有许多还都后能 选则,基因测序行业在防止自身痛点的同去,也将防止公众需求方面的什么的问题。

 在懂懂看来,“上云”正是整个基因测试行业面对挑战的首选路径,通过云计算、大数据和AI算法等科技手段的助力,防止你这名行业的普遍痛点,最终在“降本、增效和创新”你这名八个关键词上取得跨越性的突破。

 “我我人太好上云的什么的问题,亲戚亲戚朋友两年前就不可能 结束英文了了考虑了。首先术业有专攻,作为一家基因测序的公司,亲戚亲戚朋友的主业不在 IT;其次,亲戚亲戚朋友希望都都后能 和一家理解、懂得基因行业的云服务商公司合作 者。”

 朱赢当时对比过好几家云服务厂商,前期在云化的过程中也踩了不少坑。而时候正式选则使用华为云,主可是我不可能 与华为云在一八个方面的数率契合:“一方面是华为云在软件层面,跟亲戚亲戚朋友在IT规划上的理念比较契合;第八个方面是亲戚亲戚朋友认可华为云在底层技术方面的实力,比如说它在全球电信网络设备、芯片方面的研发实力;最后一一八个方面是不可能 华为云在后端的技术支持和服务方面做得非常到位。”

 朱赢坦言,华为云在云计算领域固然是启动最早的企业,但恰恰是你这名八个方面的契合,让希望组决定与华为云同去成长,在双方于所没有人领域即将腾飞的阶段,同去在云计算和基因行业实现更多创新举措,为一八个领域的融合发展带来许多改变。

 朱赢在谈到“理念契合”时强调,原先希望组就不可能 选定了用云容器(Container)技术方案来实现所没有人对于计算资源的多项需求,而华为云恰好将精准基因组分析容器化防止方案作为了业务重点。

 华为云近年来总爱在研发方面持续加大投入,先后推出了云容器实例(CCI)服务、FPGA加速云防止方案和基因容器服务(GCS)等创新技术。其中颇受希望组青睐的基因容器技术,已成为基因行业的首选。华为云基因容器的特点是能提供大规模的算力资源池,极大地提升基因数据分析传输数率,150X的全基因组测序(WGS)测序传输数率可提升近10倍。

 同去,针对基因行业普遍占据 的工具碎片化、开发语言多样、系统维护困难等瓶颈,华为云的基因容器防止方案也着重在“快、省、易、捷”这四字上做足了准备。

 “快”,是指急速测序:支持40万 容器规模,还都后能 超高并发运行测序分析流程,可极大的缩短测序时长,面对大规模并发,得益于高性能容器批量计算平台Volcano的高效任务调度能力,还都后能 防止任务的死锁、减少等候时间,进一步提升测序分析传输数率 ;

 “省”,来自于高性价比:算力资源按需、按秒计费,CPU/内存根据业务诉求灵活配比,防止浪费,提升性价比;

 “易”,在于免运维:基于Serverless架构的容器服务,集群资源自动化扩缩容,分析流程根据预置规则还都后能 自动化触发和执行;

 “捷”,可是我一站式:将基因测序分析与数据挖掘能力统一到一套流程上方,防止多套系统操作带来的不便。

 希望组与华为云联合打造的精准基因组分析容器化防止方案即将发布。该方案以华为云基因容器作为基础平台,结合希望组在基因行业内多年来的业务积累,更贴近基因测序行业客户的诉求,实现了更快、更易运维、更高性价比的结果。这套方案将希望组原有的单流程时长从22小时降低到了17小时,并节约测序成本150%。

 陪伴:与行业用户同去成长

 华为云负责基因测序行业的防止方案总监严斌告诉懂懂笔记,“亲戚亲戚朋友通过对客户数率的理解,更好地配合用户的需求,为亲戚亲戚朋友提供底层的IT技术能力,同去也希望包括希望组原先的企业都都后能 结合自身业务提出更多诉求,不利于亲戚亲戚朋友的研发团队提供更强大的支持力度,陪伴用户同去发展和成长。”

 除了与客户同去成长,华为云还希望通过公司合作 者为基因行业的生态环境做出贡献,“为了更好地服务于基因测序行业,亲戚亲戚朋友和希望组打造了联合实验室。初衷和目的可是我满足基因行业客户的需求,能在第一时间快速响应、快速闭环,同去协力帮助行业创造更好的生态氛围。”严斌表示。

 如今,通过与华为云的公司合作 者,希望组的150多位科研人员得以聚焦自身的核心工作,同去在融合创新中取得了更多基因领域的学术和技术创新,包括在权威学术期刊发表多篇论文,以及联合发布了基因行业的通用计算标准。

 同去,在国内基因行业中Top15的企业不可能 有13家采用了华为云的服务。其中,上海其明信息技术有限公司在华为云容器CCI支持下,其基因检测与基因云计算的综合平台GCBI已完成240万 例基因数据分析和挖掘、协助作出1万多次基于基因信息的临床决策。数据显示,将业务部署在CCI后,上海其明的实际计算成本降低了150%~150%,实现了K8S和物理资源免运维。

 在AI辅助宫颈癌筛查领域,广州金域医学携手华为云取得了重大突破。今年6月中旬,双方联合表态首次基于病理特征学,通过数率学习技术训练出精准、高效的AI辅助宫颈癌筛查模型。尤其在AI技术支持方面,华为云全流程模型生产服务ModelArts从标注、训练模型、图片判断、推理等方面,都为AI模型的训练和应用提供了极为坚实的基础。

 另外,金橡医学携手华为云共建的肿瘤精准医疗基因大数据分析平台,图灵生物与华为云联合开发的生信数据分析防止平台——GenoStack生信云平台,峰科计算与华为云同去推出的基于FPGA的基因加速云防止方案等,也有可能 成为国内基因科学领域行业云化的成功案例。

 数据显示,2016年国内参与消费级基因检测并拥有自身数据的所没有人用户总量约为40万 人,2017年约为150万人。目前,中国所没有人基因检测服务的人口渗透率是0.03%,而未来5年你这名数字会达到3.5%。

 哪几种数字原困 ,到2022年中国将有11500万人拥有所没有人的基因组数据。面对好快爆发的市场需求,国内基因测序势必要加快全行业云化的步伐,以应对行业转折的机遇与挑战。

 结束英文了语

 随着基因科学领域的全面发展以及数据中心的全面云化,基因测序行业“上云”是大势所趋。在基因测序领域,以数据分析、云计算为主导的IT技术不可能 成为驱动行业创新、变革的重要因素。通过强大的资源、完整而先进的产品组合以及强大的服务能力,华为云正在为更多基因测序和珍物科技企业提供着差异化、专业化的服务,这也是华为云能在行业内Top15企业中公司合作 者率超过85%的主要原困 。

 基因测序企业的上云目标是降本、增效和创新,而公众对于基因测序的需求则是更加实惠、检测更快,以及实现所没有人对生命品质的高层次追求。于这两方面,相信华为云还都后能 做到更多。

 9月18日,希望组与华为云将在HUAWEICONNECT 2019现场,发布联合打造的精准基因组分析容器化防止方案,敬请关注。